Bachelor- and master-thesis at BMO
If you are interested, please send the contact person a resume and a current grade transcript with your request.
Development of a Python-based correction algorithm for bi-directional scanned SLIDE microscopy
AG Karpf - Bachelor Thesis
SLIDE microscopy is a new, high-speed microscopy method for in vivo imaging. Using a new spectral scanning mechanism and bi-directional galvo and piezo scanning methods, acquisition rates of 40 volumes per second are achieved, i.e. approx. 100 times faster than conventional scanning microscopy. Currently, the phase of the scan elements has to be adjusted manually. In this work, a correction algorithm is to be developed in napari (Python-based) that recognises and automatically corrects image artefacts caused by incorrect phase (so-called zips). In addition, the phase position of the fluorescence curves is to be analysed using a global FLIM curve.
If you are interested, please contact: Sebastian Karpf
Im Rahmen des BMEL-Projekts „KIBioSense – Qualitätsüberwachung entlang der Lebensmittel-Prozesskette mittels Biosensoren und Künstlicher Intelligenz“
AG Rahmanzadeh
Im Rahmen des BMEL-Projekts „KIBioSense – Qualitätsüberwachung entlang der Lebensmittel-Prozesskette mittels Biosensoren und Künstlicher Intelligenz“ bieten wir eine Möglichkeit zur Anfertigung einer Bachelor- oder Masterthesis. Ziel des Projekts ist die Vermeidung von Lebensmittelabfällen und durchgängige Qualitätssicherung während der gesamten Lieferkette, entlang derer nicht-invasiv die Qualität für jedes einzelne Lebensmittel gemessen und protokolliert wird. Zur Bestimmung der Frische des Lebensmittels sollen dabei in die Verkaufsverpackung integrierte Sensoren (i. Bes. Sensorfolien) mittels Fluoreszenzspektroskopie gemessen werden. Im Rahmen der Tätigkeiten für die Bachelorthesis soll zunächst die bakterielle Belastung auf Lebensmitteln (vorrangig Fisch) bestimmt werden. Diese wird durch die Plate Count Methode ermittelt, welche im Laufe der Arbeit optimiert werden soll. Eine Optimierung soll im Hinblick auf den Zeitaufwand, als auch den Materialaufwand, pro Probe geschehen. Zeitgleich werden die entsprechenden Sensorfolien ausgelesen, sodass eine Korrelation zwischen Bakteriendichte auf dem Fisch und Ergebnis aus der Sensorauswertung erstellt werden kann.
Bei Interesse kontaktieren Sie bitte: Ramtin Rahmanzadeh
Real-time temperature control for laser irradiations on the retina of the eye
AG Brinkmann - Bachelor Thesis
As part of a DFG-funded project, a new laser setup is being created in which we want to heat the retina with only one laser and measure the temperature increase in real time in parallel. The bachelor thesis includes optimisation of the setup, measurements on retina explants of pig eyes, and real-time recording and processing of the data. Cell vitality assays will be used to obtain a comparison of thermal damage as a function of temperature.Requirements: Experimental skills and programming experience.
If you are interested, please contact: Ralf Brinkmann
Set-up of Fourier ptychogaphic imaging and evaluation using machine learning
AG Rahlves - Master Thesis
Fourier ptychography is a high-resolution imaging method in which intensity images of a sample are acquired under coherent illumination at different angles of illumination. From the individual images, both a higher resolution image and the object phase can be reconstructed numerically without the need for interferometric images. This requires so-called phase retrieval algorithms for image reconstruction, such as the Gerchberg-Saxton algorithm. Alternatively, however, machine learning methods are becoming increasingly established to enable reconstruction. The aim of the thesis is first to build a simple Fourier ptychography imaging system. However, the focus will be on the implementation and evaluation of machine learning-based evaluation, which will be realised in Python using PyTorch or TensorFlow, for example.
If you are interested, please contact: Maik Rahlves
